5.3.2 Foldit

Ол қызықты жолмен қатысуға емес сарапшыларды мүмкіндік, өйткені Foldit әдемі ашық шақыру.

Netflix сыйлығының, тулар және түсінікті, ал ашық қоңырау жобалардың толық спектрін суреттейді емес. Мысалы, Netflix сыйлығының елеулі қатысушылардың ең статистика және машина оқыту оқыту жыл болды. Бірақ, ашық қоңырау жобалар, сондай-ақ Foldit, ақуыз жиналмалы ойын суреттейді ретінде, ешқандай ресми дайындықтан қатысушыларды тартуға болады.

Протеин жиналмалы амин қышқылдарының тізбегін оның пішіні бойынша қабылдайды, ол арқылы процесс болып табылады. Бұл процестің жақсы түсінуге, биологтар дәрі ретінде пайдаланылуы мүмкін нақты пішінді ақуыздарды жобалау мүмкін. біраз жеңілдету, ақуыздар, олардың ең төменгі энергетикалық конфигурациясына, түрлі итермелейді теңестіреді және ақуыз (сурет 5.7) шеңберінде жаңылмайды конфигурация өту үшін бейім. зерттеуші ақуыз бүктеп алатын ішіне қандай пішіні болжауға қалайды Сондықтан, егер шешім қарапайым естіледі: жай, барлық мүмкін теңшелімдерді көріңіз олардың энергиясын есептеу және ақуыз ең төменгі энергетикалық конфигурациясына ішіне бүктеп болады деп болжап отыр. әлеуетті конфигурациялары миллиардтаған және миллиардтаған бар, өйткені Өкінішке орай, барлық мүмкін теңшелімдерді тырысады көздейді осы Brute Force тәсіл есептеу мүмкін емес. Тіпті бүгін-мен жақын болашақта-өрескел күшіне қол жетімді ең қуатты компьютерлермен ғана жұмыс істеуге ниетті емес. Сондықтан, биологтар тиімді ең төменгі энергия конфигурациясына іздеу үшін көптеген ақылды алгоритмдер әзірледік. Бірақ, ғылыми және есептеу күш жаппай сомалары қарамастан, бұл алгоритмдер әлі алыс жақсарту болып табылады.

Сурет 5.7: протеин жиналмалы. Image «DrKjaergaard» қоғамдық игілікке құрылды және орналастырылды. Дереккөз: Wikimedia Commons .

Вашингтон университетінің Дэвид Бейкер және оның зерттеу тобы ақуыз қалыптасып жақсы есептеу тәсілдерін әзірлеу үшін жұмыс ғалымдардың қоғамдастықтың бір бөлігі болды. олардың алгоритмдер алыс раскрутка жатқанда не болып жатқанын қадағалап мақсатында, Бейкер және оның топтық кейде олардың алгоритмдер барысын орналасуы экран сақтағышы көруге болар еді. Осы визуализациялар коріп жатканда, Baker адамдар процесінде көмектесу үшін болар еді күмәндана бастады, және, осылайша, Foldit, шығармашылық және әдемі ашық қоңырау бастады (Hand 2010) .

Foldit кез келген ойнатуға болады ойынға айналдыру бүктеу ақуыз процесін бұрылады. ойнатқыштың тұрғысынан, Foldit жұмбақтар (сурет 5.8) болып табылады. Ойыншылар өз пішінін өзгерту жүгіртті «қалпына келтіру», ақуыз құрылымын үш өлшемді құрақты табыс және operations- «күйге», «теңселу» ​​орындауға болады. Осы операциялар орындау арқылы ойыншыларды кезек артады немесе олардың балл азаяды ақуыз, түрін өзгерту. Сыни, балл ағымдағы конфигурациясы энергия деңгейіне негізінде есептеледі; төменгі энергетикалық конфигурациялары жоғары балл алып келуі. Басқаша айтқанда, олар балл төмен энергетикалық конфигурациялары іздеу ретінде футболшыларды басшылыққа көмектеседі. Netflix сыйлығының-ақуыз қалыптасып фильм Рейтинг болжау сияқты, сондай-ақ оларды қалыптастыру қарағанда шешімдерді тексеру оңай жағдай ғана, өйткені бұл ойын ғана мүмкін.

Foldit үшін Ойын экранды: 5.8 сурет.

Foldit компаниясының талғампаздығы дизайн сарапшыларымен әзірленген үздік алгоритмдер бәсекеге биохимия аз формальды білімі бар ойыншыларды мүмкіндік береді. Ең ойыншылар тапсырмаға әсіресе жақсы емес, ал, бірнеше ойыншылар мен ерекше болып табылады ойыншылардың шағын командалары бар. Шын мәнінде, 10 нақты белоктар құрылымын болжауға үшін бас-басы конкурсқа, Foldit ойыншылар мемлекеттік-заманауи ақуыз жиналмалы алгоритмдерді бес рет ұрып алдық (Cooper et al. 2010) .

Foldit және Netflix жүлде көптеген жолдармен әр түрлі, бірақ олардың екеуі де генерациялау қарағанда тексеру оңай шешімдер үшін ашық қоңырау тарту. патенттік құқық: Енді, біз тағы бір өте әр түрлі параметр бірдей құрылымын көруге болады. ашық қоңырау проблеманың Бұл соңғы мысал, олар анық сандық ұнжырғамыз түскен жоқ параметрлерінде де пайдалануға болады екенін көрсетеді.